Одна из старейших улиц города. До 1860-х годов именовалась Большой, а с 1860-х и до 1923 года — Преображенской. Последнее название было связано с тем, что в XVII веке в Самаре существовали мужской и женский монастыри в честь Преображения Господня.
Для женского в 1685 году был построен каменный храм, названный Спасо-Преображенским. Он находился в районе остановки общественного транспорта “Ул. Кутякова” и был снесен в 1952 году при строительстве автомобильного моста через реку Самара. Такая же участь ждала находившуюся рядом церковь в честь Смоленской иконы Божией Матери, которая была построена в 1873 году.
Отрезок улицы Водников от ул. Кутякова до ул. Князя Григория Засекина, по мнению многих историков и археологов, проходит по территории первой самарской крепости. Поэтому именно здесь к 400-летию города студентами строительного института под руководством архитектора Николая Красько был размещен макет крепостной башни, как она могла выглядеть в 1586 году. Увы, арт-объект спустя 30 лет пришел в негодность, и в 2018 году бревенчатые строения сложили заново.
Также к 400-летию города был сооружен макет крепостной стены и карта первой самарской крепости. Эти объекты расположены между зданием налоговой инспекции (ул. Князя Григория Засекина, 6) и улицей Кутякова.
В середине XIX века улица Водников была местом традиционной для самарцев зимней забавы – катании на санях. Их устраивали в праздники, особенно на Масленицу. Катание происходило медленно, шагом, в несколько рядов, с песнями. С 1870-х годов массовое зимнее развлечение переместилось на улицу Дворянскую (ныне Куйбышева), которая к тому моменту считалась центральной. Также на улице Водников располагались конторы многих пароходных обществ: “Кавказ и Меркурий”, “Самолет”, “Русь” и т.д.
Среди памятников архитектуры стоит выделить паровую мельницу купцов Стройкова и Якимова (Водников, 52, строение 3). Она строилась в 1901–1903 годах в русском стиле по проекту архитектора Александра Щербачева. Мукомольное производство здесь существует и по сей день.